সুধন্যপুর মাদরাসার বালক শাখার ভবন ৫ তলা বিশিষ্ট ও সাথে ৫ তলা মসজিদ আছে। রাস্তার বিপরীত পাশে আরেকটি ভবন রয়েছে যেটাতে বর্তমানে নাযেরা বিভাগ চলমান আছে। মাদরাসার শেষ জামাত জালালাইন পর্যন্ত। বর্তমানে বালক শাখায় ৪০ জন শিক্ষক দায়িত্ব পালন করছেন।